1985至1999期間
他與妻子太田朱美在1984年4月創立了個人事務所「二馬力」負責管理作品的版權，而好友兼夥伴高畑勳當時也有個人的「畑事務所」。
在《風之谷》上映後，因先前的製作團隊「Topcraft」解散，為了讓宮崎駿及高畑勳能有一個專用的創作動畫平台，鈴木敏夫在德間書店出資幫助下於吉祥寺裡成立了吉卜力工作室。[15][16]
在吉卜力工作室成立後，宮崎駿首次在吉卜力完成的動畫電影為1986年的《天空之城》，內容講述了兩個孤兒的冒險故事，他們試圖尋找一個漂浮在天空中的神奇島嶼。1988年的《龍貓》則描述兩個女孩與森林精靈之間的互動與冒險。1989年的《魔女宅急便》為改編自角野榮子的小說，劇情為一個離開故鄉的小魔女在大城市生活的故事。宮崎駿在這些作品中展現出飛行的魅力，包括《天空之城》裡空賊使用的撲翼機、《龍貓》中龍貓及貓巴士的飛行與《魔女宅急便》中魔女琪琪的飛行掃帚。
1992年的《紅豬》以反映宮崎駿自身的想法而聞名，劇中的主角是一位變成豬的男性反法西斯主義飛行員。這部電影背景設定在1920年代的義大利，描述一位打擊空賊的賞金獵人及一名美軍士兵之間的故事。這部影片探討了自私與責任之間的對立關係。這部影片也可以看作是宮崎駿的抽象自畫像，劇中的台詞可能暗示他的內心想法。就像他的許多其他電影一樣，《紅豬》擁有豐富的典故，並提到1930年代和40年代的美國電影。紅豬在很多地方與美國演員亨弗萊·鮑嘉作品的場景相似。
1997年的《魔法公主》回到生態及《風之谷》劇中的政治主題，故事情節集中於居住在森林裡的動物之間的鬥爭及人類利用森林來擴展工業。《魔法公主》與《風之谷》這兩部影片含蓄地批評了人類對自然產生的不利影響，並將軍隊塑造成負面的形象。《魔法公主》也被認為是他最暴力的電影之一，這部電影在日本獲得巨大的商業成功，當時成為日本史上最賣座的電影，直到被《鐵達尼號》超過為止；並最終在日本電影金像獎奪得最佳影片獎。宮崎駿在傾全力執導《魔法公主》之後暫時性的退休。
2000至今期間
在這段半退休的時期，宮崎駿結識了在日本電視台朋友奧田誠治的女兒，後來成為他創作《神隱少女》主角荻野千尋的模特兒。《神隱少女》的故事主角是一個女孩，被迫在一個奇怪的精靈世界生存下去，因為她的父母被變成豬，所以她只好在澡堂工作。《神隱少女》於2001年7月在日本上映，並打破了日本的票房記錄（304億日圓），[17]超過2300萬人次進場觀看，也再次超越先前被《鐵達尼號》佔據的日本最賣座電影的首位。
《神隱少女》獲得許多獎項，包括在2001年獲得日本電影金像獎最佳影片獎、在2002年獲得柏林影展：金熊獎（史上首部獲得該獎項的動畫片）及2002年的奧斯卡金像獎：奧斯卡最佳動畫片獎，第68屆紐約影評人協會獎：最佳動畫獎，是宮崎駿另一個輝煌成就。
《神隱少女》也是首部風行全世界的吉卜力動畫電影，在美國與法國極受歡迎，相關產品亦為吉卜力帶來十分豐厚利潤，迪士尼也以鉅資買下宮崎駿部分影片的DVD發行權。
宮崎駿在2004年7月完成《霍爾的移動城堡》，電影改編自英國小說家黛安娜·韋恩·瓊斯的奇幻小說。宮崎駿在原本導演細田守突然被撤換之後接掌擔任導演。這部電影在2004年於威尼斯影展首映並以動畫技術獲得金奧薩拉獎。《霍爾的移動城堡》在2004年11月20日於日本上映，當年票房成績為將近200億日圓[18]。美國迪士尼隨後發行英文版本《霍爾的移動城堡》。
宮崎駿在2005年獲得了威尼斯影展：榮譽金獅獎，第71屆紐約影評人協會獎：《霍爾的移動城堡》最佳動畫獎。
中國媒體在同年報導，宮崎駿最新的電影將是《我失去了我的小男孩》，改編自一本中國童書[19]，但這個消息後來被證明是誤傳[20]。
宮崎駿的長子宮崎吾朗在2006年完成他的第一部電影《地海戰記》，劇情改編自娥蘇拉·勒瑰恩創作的幾個故事。宮崎駿想要將《地海》改編成動畫的念頭已經出現很久，並一再要求取得原作者娥蘇拉·勒瑰恩的同意，但是他每次都遭到拒絕。於是宮崎駿製作《風之谷》與《修那之旅》作為替代品（《修那之旅》當中的一些構想被轉移到這部電影當中）。但是當勒瑰恩最後要求宮崎駿將她的作品改編成動畫時，他拒絕這個請求，因為他已經失去這樣做的欲望。
在整個《地海戰記》影片的製作期間，宮崎吾朗與他的父親之間並無任何交談，這是因為他們對於宮崎吾朗是否準備好執導這部作品產生爭議[21] 。這部影片最初是由宮崎駿來製作，但是因為他正在進行《霍爾的移動城堡》的製作所以拒絕接任。吉卜力工作室決定讓宮崎吾朗擔任這部作品的導演，雖然他不曾製作過任何動畫。
在2006年，美國Nausicaa.net網站報導宮崎駿執導另一部動畫電影的計劃，傳聞背景設定在神戶。在宮崎駿小組在製作之前造訪一間由一對老夫婦經營的咖啡館，並從山區俯瞰城市的景色。吉卜力工作室製作日記並未指出這些地區的確切位置。該工作室還宣布宮崎駿已經開始為電影製作故事板，他們使用水彩來製作，因此電影將擁有「不尋常的視覺風格」。吉卜力工作室表示這部動畫電影製作時間約為20個月，預計於2008年夏季上映。
這部電影的名稱在2007年公開宣布為《崖上的波妞》[22]。故事圍繞一個5歲的男孩宗介與想要成為人類的金魚公主「波妞」，宮崎駿說這個想法是從丹麥作家安徒生的著名童話故事《美人魚》得到的靈感[23][24] 。吉卜力工作室的鈴木敏夫指出，「70至80％的劇情發生在海上，如何表達使用手繪動畫來呈現大海及海浪將是導演的挑戰」。 《崖上的波妞》獲得了威尼斯影展Mimmo Rotella財團獎，第32屆日本電影金像獎：最佳動畫片獎。
2008年年底，宮崎駿提出了「吉卜力5年經營計畫」（スタジオジブリ経営5カ年計画），內容預定是前3年採用年輕的人才發表2部動畫、最後2年則預定推出重量級的作品。[25]之後宮崎駿則依序在2010年由米林宏昌執導的《借物少女艾莉緹》（瑪麗·諾頓原著）；以及2011年宮崎吾朗第二部執導作品《來自紅花坂》（佐山哲郎、高橋千鶴原著）中擔任劇本。
2013年，推出《風起》。9月1日，吉卜力公司在威尼斯影展中宣布，宮崎駿在此部電影結束後引退，不再執導長篇電影作品，《風起》成為他的息影之作。
9月6日，宮崎駿在東京召開的記者會中，證實這個消息。
2013年《風起》獲得了美國國家評論會獎，第79屆紐約影評人協會獎，第34屆波士頓影評人協會獎，第18屆聖地牙哥影評人協會獎，第17屆多倫多影評人協會獎：最佳動畫長片獎。第36屆米爾谷國際影展：最受歡迎動畫作品獎。2014年安妮獎：最佳編劇獎。
2016年11月14日，宮崎駿在NHK的特別節目「終わらない人 宮﨑駿」之中透露自己復出的消息，並希望在2019年之內完成新的長篇動畫，此次是為第七次復出。
